Bieg tej rzeki obejmuje obszar województwa warmińsko-mazurskiego. Jej źródłowy odcinek to niewielki ciek o nazwie Wkra Wielka, mający swe początki na południowych stokach Wzgórz Dylewskich, na wysokości 210 m n.p.m., w okolicach Giętlewa, niedaleko Pałacu Klonowo. Początkowo ten ciek wpływa do jeziora Dąbrowa Wielka, a dopiero po opuszczeniu jego obszaru otrzymuje miano rzeki Wel. Następnie kieruje się ku południu, mijając Rybno i przepływając przez kilka malowniczych jezior. W rejonie miejscowości Cibórz tworzy malownicze zakole, zmieniając kierunek na północno-zachodni. Podczas meandrowania omija od południa Garb Lubawski, by przemknąć przez urokliwe miasto Lidzbark, gdzie przepływa pod dziewięcioma urokliwymi mostami. Po opuszczeniu jeziora Lidzbarskiego, nurt rzeki kieruje się ku miejscowościom Kurojady i Chełsty, gdzie przyjmuje zupełnie inną charakterystykę, formując wartki potok, który uchodzi na obszarze powiatu nowomiejskiego. W miejscowości Bratian Wel łączy swoje wody z Drwęcą. Przesmyk łączący jeziora Tarczyńskie i Grądy stanowi obszar ścisłego rezerwatu przyrody, chroniąc unikalny ekosystem.